Fantastico selalu berusaha untuk menjaga aplikasi-aplikasi yang didukung menjadi versi terakhir yang ada. Dan jika terdapat update terbaru Fantastico akan memberitahu anda bahwa script anda perlu di-update.

Untuk melakukan peng-update-an aplikasi yang anda install lewat Fantastico, ikuti langkah-langkah yang ada pada halaman aplikasi anda dalam Fantastico, setiap aplikasi mungkin akan berbeda. Seperti saat instalasinya, update lewat Fantastico juga hanya membutuhkan sedikit operasi saja.

Mohon diingat bahwa semua perubahan buatan anda sendiri akan hilang saat anda mengupdate, juga theme/template buatan sendiri.